Diversité génétique et structure génétique de la race Limousine en France

INTRODUCTION

Une bonne maîtrise de la diversité génétique est un objectif majeur pour l’ensemble des acteurs de la race Limousine. En effet, cette diversité est la source des futurs progrès génétiques. De plus, elle évitera les risques associés à la consanguinité, principalement les risques de maladies létales dites “récessives”qui peuvent avoir un impact énorme sur les troupeaux et lagestion de la race (une alerte récente est l’anomalie du palais fendu). Enfin, cette nécessité de gérer la diversité génétique est clairement exacerbée par le changement climatique en cours. En effet, les périodes de stress thermique vont augmenter en intensité et en durée. Ce stress ainsi que la baisse de la disponibilité en ressources (eau et fourrage durant l’été) peuvent diminuer drastiquement les performances des animaux. Il sera donc important d’identifier les animaux les plus résilients face à ce changement climatique. Or, plus la diversité génétique de notre race est importante et plus les chances de trouver des génétiques adaptées à ces nouvelles conditions le seront également.

Une première nécessité pour nous était donc de bien décrire la diversité génétique actuelle de notre race. Or, cette question peut se décliner en réalité en deux sous-questions : la diversité sensus stricto qui représente la diversité des“motifs” génétiques présents dans la population, d’une part, et la structure génétique géographique, qui correspond au fait que des types génétiques seraient plus ou moins fréquents en fonction des régions, d’autre part. La taille importante de notre population d’animaux génotypés nous permet d’avoir un excellent outil pour étudier à la fois la diversité génétique et la structure génétique de la race Limousine en France. Des indicateurs de diversité génétiques sensus stricto, calculés sur la base des généalogies, existent déjà (Varume 2021 : https://idele.fr/detail-dossier/varume-resultats-2021).

Cependant, ces estimations ont une faible précision et surtout sous-évaluent les niveaux de consanguinité (Forutanet al., BMC genomics, 2018). Plusieurs choses sont à l’origine de ce manque de précision et de cette sous-évaluation : premièrement, une telle approche ne peut pas prendre encompte les effets de méiose (brassage aléatoire des gènes lors de la formation des gamètes). De même, elle ne prend pas non plus en compte les effets de la sélection et les effets de la structuration génétique géographique. Et enfin, les erreurs dans les généalogies (erreurs de déclaration par exemple) ont un impact fort sur la précision des indicateurs de consanguinité.

Forts d’une population de référence génotypée maintenant conséquente, et représentative de la diversité génétique et des différentes régions d’élevage en France, nous avons donc décidé de réaliser une étude de la diversité génétique et de la structure géographique sur la base d’approche génomique. Cette étude est issue d’une collaboration entre IngenomiX et l’INRAE pour l’encadrement d’un stagiaire d'AgroParisTech. En effet, Grégoire Jouault a effectué un stage de master 2 PRIAM (Predictive and Integrative Animal Biology) co-encadré par Gwendal Restoux, chercheur de l’Unité Mixte de Recherche “Génétique Animale et Biologie Intégrative” de l’INRAE dans l’équipe GIBBS (Génomique Biodiversité Bioinformatique Statistique), et par Eric Fontanillas, chercheur au sein d’IngenomiX.

Le premier objectif était de suivre la diversité génétique au sein de la race. En particulier, quel est le niveau de consanguinité et comment il a évolué au cours des vingt dernières années. En effet, l’utilisation dominante de la Monte Naturelle pour 90% des naissances, pourrait faire s'attendre à une limitation du nombre de taureaux disponibles localement, et donc à une augmentation des saillies apparentées. De plus, l'introduction récente du phénotype sans cornes utilisant un nombre limité de taureaux pourrait également avoir réduit la diversité génétique. Un deuxième objectif était de comprendre la structure génétique spatiale de la race Limousine à travers la France.

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